De plus on peut noter qu’il est à la limite de dépasser l’interdiction posée par les ecclésiastiques (parler de façon non hypothétique de la théorie de Copernic alors que l’on n’a pas de preuves pour valider la vraisemblance de cette dernière) puisqu’il n’a alors pas de preuves pour démontrer la validité du système copernicien. Pourtant Galilée commence à énoncer que la théorie du savant polonais est au dessus de tous les doutes. Ce comportement traduit une absence de raisonnement scientifique, on ne peut se permettre de défendre sans preuves le bien fondé d’une théorie. Livré à lui-même Galilée commence à être victime d‘attaques toutes aussi virulentes les unes que les autres (voir annexe). Toutes les accusations portées contre Galilée entraînent le procès de 1616. Afin de résoudre les dissensions qui divisent tout le monde, la question de savoir si la théorie de Copernic est ou non admissible est portée devant Saint Office. Les ecclésiastiques mettent deux propositions à l’ordre du jour. La première énonce que le soleil est au centre du monde et la seconde proclame que la Terre n’est pas le centre du monde, qu’elle n’est pas immobile et qu’elle tourne sur elle-même. Après une courte discussion les deux thèses sont déclarées hérétiques. L’église ne veut pas remettre en cause des principes qui constituent ses fondements. Elle ne peut se permettre d’admettre une théorie qui entre en opposition avec l’Ecriture Sainte car elle risque de perdre son emprise sur la société de l’époque et sur les fidèles. La sentence du Saint Office est rendue le 26 février, les livres de Copernic sont censurés et mis à l’index. De plus Galilée se trouve mis dans l’obligation de ne discuter qu’à titre hypothétique de la théorie du savant polonais ce qui lui avait auparavant été suggéré par les jésuites. Néanmoins il est essentiel de noter que l’attitude de l’église lors de ce procès n‘a pas été aussi intransigeante que l’on l’a dit. En effet il est clairement stipulé que le livre de Copernic pourrait être de nouveau autorisé, « si quelques passages en étaient changés dans les chapitres où le système héliocentrique était donné comme une vérité démontrée ». De plus aucuns travaux de Galilée n’est interdit et il ne perd pas la confiance de l’institution religieuse en témoigne les audiences qu’il a respectivement avec les papes Paul V et Urbain VIII. Nous pouvons donc déjà remarquer qu’à cette époque Galilée a le soutien d’une partie de l’ordre religieux et que sa chute ne va être due qu’à des circonstances particulières et à son entêtement à ne pas vouloir revenir sur ses positions.
Toutefois avant d’aborder ce sujet il est nécessaire de noter que ce procès marque un tournant dans la pensée de Galilée. A partir de ce moment, malgré le fait qu'il soit toujours persuadé que pour transmettre la théorie copernicienne, il lui faille le soutient de l'Église, il a compris qu'il n'y a qu'un seul moyen pour arriver à son but : la discussion. Ce changement radical est observable dans des textes attestant que Galilée poursuit deux buts, premièrement, montrer que les nouvelles découvertes auront un impact positif sur la communauté scientifique, deuxièmement, faire comprendre aux autorités religieuses, qu'en cas de rejet de cette discussion, leurs positions deviendraient rapidement ridicules. En effet, comment défendre des idées, alors qu'il est scientifiquement prouvé, qu'elles sont fausses. Cependant un terrain d’entente peut être trouvé sur le second point en effet comme l’énonce le cardinal Bellarmin « S’il était cependant donnée une véritable preuve que le soleil est au centre de l’univers... et qu’il ne se meut pas autour de la terre, mais qu’au contraire la terre tourne autour du soleil, nous devrions, alors, faire preuve de la plus grande circonspection dans l’interprétation des passages de l’Écriture qui semblent enseigner le contraire et il serait préférable de dire que nous ne comprenons pas, que de déclarer fausse une conception qui a été démontrée vraie ». Cette déclaration reflète l’attitude de l’église à ce moment mais Galilée à cause de son aveuglement précipite sa chute. Toutefois si on fait abstraction de l’entêtement du savant observons qu’à ce moment le fils de Vinzencio Galilei se comporte en vrai scientifique car comprenant que sa méthode n’est pas adaptée aux mœurs de son époque il est capable de la remettre en question pour chercher un nouvel angle d’attaque plus judicieux. En 1624, Galilée, reprend réellement son vaste programme de politique culturelle abandonné en 1616, mais cette fois, il pense que la conciliation sera réalisée par les théologiens et non par lui même. Ce plan est moins ambitieux que le premier, puisqu'il cherche simplement à ce que l'Église discute de la théorie copernicienne.